Muchas veces quieres instalar un programa o juego y necesitas hacerlo manualmente a través  de la terminal. El problema viene cuando ya no necesitas seguir usando esos programas y lo desinstalas ya sea con el comando: sudo apt remove nombreprograma o sudo apt-get purge nombreprograma.
Si bien es cierto que con eso seria suficiente aun así quedan almacenados los repositorios y cada vez que actualizamos (sudo apt-get update) los repositorios tambien se cargan aunque no tengamos el programa instalado en el sistema.
Por ello es mejor quitarlos al momento de desintalar el programa al que pertecen.
El metodo mas facil para hacerlo es instalando PPA PURGE:

 sudo apt-get install ppa-purge

Ejemplo:

sudo add-apt-repository ppa:philip.scott/elementary-tweaks

Con este comando agregamos el repositorio para luego actualizar (sudo apt update) los repositorios y así instalar elementary tweaks (sudo apt-get install elementary-tewaks).
Si quieremos desinstalar el programa: sudo apt-get remove  nombreprograma o sudo apt-get purge nombreprograma o sudo apt-get remove --purge nombredelprograma y para eliminar el repositorio: sudo ppa-purge ppa:philip.scott/elementary-tweaks.

Así, cada vez que actualizamos los repositorios (sudo apt-get update) el proceso es mas rápido ya que no están los repositorios.

Otra opcion es quitarlos desde software y actualizaciones = otro software y desmarcar los que correspondan a los programas que vayamos a desinstalar.